Анатомске хомологије су морфолошке или физиолошке сличности између различитих врста биљака или животиња. Упоредна анатомија, која је проучавање анатомских хомологија, извор је већине традиционалних доказа за еволуцију и заједничко порекло. Анатомске хомологије настављају да пружају много примера дубоких односа између врста које су најбоље или се објашњавају само кроз еволуцијску теорију када сличности једноставно немају смисла из функционалне перспективе.
Ако су врсте настале независно (природним путем или божанским чином), сваки организам треба да има карактеристике јединствено прилагођене својој природи и окружењу. Односно, анатомија организма би функционисала на начин који највише одговара његовом посебном начину живота. Међутим, ако су се еволуирале врсте, онда је њихова анатомија ограничена оним што су њихови преци могли да обезбеде. То значи да ће им недостајати неке карактеристике које би биле добро прилагођене начину на који живе и они ће имати друге функције које нису толико корисне.
Савршена креација против несавршене еволуције
Иако креационисти воле да разговарају о томе како је живот „савршено“ осмишљен, чињеница је да то не можемо пронаћи када посматрамо природни свет. Уместо тога, налазимо врсте биљака и животиња које би могле да учине много бољим анатомским особинама које се налазе у другим врстама и које чине анатомске карактеристике које су повезане са другим врстама, прошлим или садашњим врстама. Постоји безброј примјера оваквих хомологија.
Један од често цитираних примера је пентадактилни (петоцифрени) уд тетрапода (кичмењаци са четири удова, укључујући водоземце, гмизаваце, птице и сисаре). Када узмете у обзир различите функције различитих удова свих ових створења (хватање, ходање, копање, летење, пливање итд.) Нема функционалног разлога да сви ти удови имају исту основну структуру. Зашто сви људи, мачке, птице и китови имају исту петоцифрену структуру удова? (Напомена: одрасле птице имају троцифрене удове, али ембрионално се те цифре развијају из петоцифрени прекурсор.)
Једина идеја која има смисла јесте да су се сва та створења развила из заједничког претка који је имао петокодне удове. Ова идеја се даље подржава ако проучите фосилне доказе. Фосили из девонског временског периода, за које се верује да су се развијали тетраподи, показују примере удова са шест, седам и осам цифара - тако да није као да постоји неко ограничење на петоцифрени удове. Постојала су четвероножна бића са различитим бројем цифара на удовима. Поново, једино објашњење које има било каквог смисла јесте да су се сви тетраподи развили из заједничког претка који је имао петоцифрени удове.
Штетне Хомологије
У многим хомологијама сличност врста није на било који начин очигледно неповољна. Из функционалне перспективе то можда нема смисла, али изгледа да не штети организму. С друге стране, неке хомологије заиста изгледају као неповољно.
Један пример је кранијални нерв који иде од мозга до гркљана кроз цев у близини срца. Код риба је овај пут директан пут. Оно што је занимљиво јесте да овај нерв следи исти пут код свих врста које имају хомологни нерв. То значи да код животиње попут жирафе, овај нерв мора направити смешан одлазак низ врат из мозга, а затим врат натраг у подручје гркљана.
Дакле, жирафа мора да расте додатних 10-15 стопа нерва у поређењу са директном везом. Овај понављајући ларингеални нерв, како га зову, очигледно је неефикасан. Лако је објаснити зашто живац иде овим кругом ако прихватимо да су жирафе еволуирале од предака сличних рибама.
Други пример би било људско колено. Задње зглобне кољена су много боља ако створење проводи већину свог времена ходајући по земљи. Наравно, напредна зглобна колена су сјајна ако проводите пуно времена пењајући се по дрвећу.
Рационализирање несавршених креација
Зашто би жирафе и људи имали тако лошу конфигурацију ако су настали независно нешто остаје креационистима да објасне. Најчешћи креационистички побијање хомологијама било које врсте често је разноликост "Бог је створио сва створења по неком обрасцу, због чега различите врсте показују сличност".
Ако занемаримо став да бисмо морали да сматрамо Бога изузетно лошим дизајнером да је то случај, ово објашњење уопште није објашњење. Ако ће креационисти тврдити да неки план постоји, на њима је да објасне план. Учинити другачије само је аргумент из незнања и еквивалентно је рећи да су ствари такве какве јесу "само зато".
С обзиром на доказе, еволуцијско објашњење има више смисла.