Напади конзервативних верских верника често укључују тврдњу да нема чврстих доказа да се еволуција икада догоди. Такве тврдње многи се засипају, делимично јер иако се захтев може поднијети драматично и са лакоћом, побијања су нужно дуготрајна, академска и далеко мање драматична. Истина је, међутим, да постоји обиље доказа о еволуцији. Разлика између аналогних и хомологних структура пружа атеистима (и теистима који прихватају еволуцију) занимљив начин да опишу доказе еволуције који долазе из два правца.
Аналогне / конвергентне структуре
Неке биолошке карактеристике су аналогне (које се такође називају „конвергентни“), што значи да они обављају исту функцију код различитих врста, али су еволуирале независно него из истог ембриолошког материјала или из истих структура заједничког претка. Пример аналогне структуре могу бити крила лептира, слепих мишева и птица.
Други важан пример био би развој очију фотоапарата и у мекушцима и у кичмењака. Овај пример аналогних структура је посебно користан јер је једна од најчешћих тврдњи религијских креациониста да се нешто тако сложено као око не би могло природно развити - они инсистирају на томе да је једино одрживо објашњење натприродни дизајнер (који увек је њихов бог, мада то ретко признају потпуно).
Чињеница да су очи код различитих врста аналогне структуре доказује не само да је око могло еволуирати природно, већ и да се у ствари еволуирало неколико пута, независно и на нешто другачије начине. Исто је и са другим аналогним структурама, а то је зато што су одређене функције (попут могућности да се виде) толико корисне да је неизбежно да ће се на крају развити. Никаквим натприродним бићима, без обзира да ли су богови или не, није потребно да објасне или разумеју како су се очи еволуирале више пута.
Хомолошке структуре
Хомолошке структуре, с друге стране, су карактеристике које деле сродне врсте јер су на неки начин наслеђене од заједничког претка. На пример, кости на предњим перајима кита хомологне су костима у људској руци и обе су хомологне костима у руци шимпанзе. Кости у свим тим различитим деловима тела на различитим животињама у основи су исте кости, али њихове величине су различите и служе незнатно различитим функцијама код животиња у којима се налазе.
Хомолошке структуре пружају доказ еволуције јер омогућавају биолозима да прате еволутивни пут различитих врста, повезујући их у веће еволуцијско стабло које цео живот повезује са заједничким претком. Такве структуре су такође јак доказ против креационизма и Интелигентног дизајна: ако је постојало божанство које је створило све различите врсте, зашто би се користили исти основни делови код различитих бића за различите функције? Зашто не бисте користили потпуно нове делове који су посебно дизајнирани за специфичне и различите сврхе?
Сигурно би се могла створити „савршенија рука“ и „савршенија шака“ ако се заснивају на деловима који су дизајнирани за њихову одређену сврху. Умјесто тога, оно што ми у стварности имамо су несавршени дијелови тијела и дијелом су несавршени јер су сви изведени из костију, које су првобитно постојале из других разлога у потпуности. Кости су се, у дужем временском размаку, прилагођавале новим наменама које су им требале да би се једва успеле. Еволуција захтева само да неко буде бољи од конкурената, а не да је најбољи што је теоретски могуће. Због тога су несавршене особине и структуре норма у природном свету.
У ствари, може се рећи да је цео биолошки свет састављен од хомологних структура: цео живот се заснива на истим врстама нуклеотида и истим аминокиселинама. Зашто? Савршен и интелигентан дизајнер лако би могао да створи живот из различитих аминокиселина и ДНК структура, а све посебно погодно за посебне сврхе. Присуство истих хемијских структура у целом животу доказ је да је цео живот повезан и развијен од заједничког претка. Научни докази су недвосмислени: ниједан бог или други дизајнер није имао руку у развоју живота уопште или људског живота посебно. Ми смо оно што јесмо због нашег еволутивног наслеђа, а не због жеља или воље било којег божанства.
